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中国底栖动物条形码数据库全新版本上线

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发布时间:hq环球体育-11-09    点击量:

为解决底栖动物多样性监测中物种难以鉴定的痛点,助力推进快速、精准、大规模的环境DNA分子监测技术在我国水生态环境领域中的应用,2021年南京农业大学携手国内15个高校科研院所成功研发了中国淡水大型底栖无脊椎动物条形码数据库。经过两年的积累和优化,该数据库迎来重大更新。新版本更加注重物种大数据整合、分子鉴定功能升级以及eDNA宏条形码大数据的在线快速分析。

亮点1:丰富的物种分类资源以及COI条形码和线粒体基因组资源

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数据库现收录有中国淡水底栖无脊椎动物分类名录共6300余种,有条形码的物种数1300余种,总DNA条形码数3200余条,线粒体基因组100多个。数据库整合了同一物种的分类、分子条形码、地理分布以及不同虫态形态图像等信息,从而有利于物种的整合鉴定。同时支持分类阶元、关键词、地理分布等三种不同方式的信息检索,支持按筛选条件检索和结果排序,方便用户查找需要的数据资源


亮点2:一站式分子鉴定及分析功能

数据库为单个物种条形码信息比对和分析提供了平台,在搜索框中输入fasta格式文件或者需要查询的序列,经过BLAST比对,得到按相似度排列的分子鉴定结果。分子鉴定不仅可以在该数据库内进行比对鉴定,也可以跨平台选择下载至本底的GenBank、BOLD等公共数据库同时进行分子鉴定。数据库配备的小工具:Muscle、GeneWise、LASTZ、Compare等可辅助使用者进一步的生信分析。

亮点3:高效且操作简便的环境DNA-宏条形码数据在线分析模块

原有的宏条形码数据的处理需要经过繁琐的序列拼接、质量控制、标签分流、OTU聚类以及物种注释等,每一步需要使用不同的软件和代码。为了方便宏条形码数据的处理分析,数据库开发了一个简便易懂的宏条形码数据自动分析模块。分析界面直观友好,只需两步操作,就可以得到数据的鉴定注释结果。该数据库通过大量实际数据测试显示,其对宏条形码数据的注释效果无论在注释准确度还是注释的精度上明
显优于公共参考数据库。

数据库开放使用等事宜,请联系wmeng@njau.edu.cn。

编:王 萌

校:张 聪

审:许承保


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